『ゴッドイーター』は、2071年の極東を舞台とする作品である。人類は「アラガミ」と呼ばれる人喰いの怪物によって絶滅寸前にまで追い込まれている。オラクル細胞から生まれ、通常兵器が通用しないこの怪物たちは大地を蹂躙し、行く先々のほとんどすべてを喰らい尽くし、文明の残存勢力は夜をしのぎながら辛うじて生き延びている。人類を救う最後の手段として、組織フェンリルは、アラガミを倒し得る唯一の既知の兵器である「神機」を扱うため、オラクル細胞を体内に取り込んだ特殊な人間「ゴッドイーター」を生み出した。
その一人が、刀身と銃の両形態を備えた神機を操る新型のゴッドイーター、空木レンカである。アリサ・イリーニチナ・アミエーラらフェンリルの隊員たちとともに戦うなかで、レンカは組織屈指の戦力となっていくが、アラガミを一掃したいという自らの願いを果たすためには、神機を完全に使いこなさなければならない。怪物がなおも大量に生まれ続け、都市文明が崩壊の瀬戸際にあるなか、アラガミによる人類の完全な滅亡を阻む最後の防壁となっているのは、ゴッドイーターだけである。