『僕だけがいない街』では、藤沼悟は感情を表に出さない29歳の漫画家で、「リバイバル」と呼ばれる不思議な力を持っています。この力は、悲劇が起こる直前に彼を数分前の時間へ戻すもので、悟はこれまで事故を防ぎ、多くの命を救ってきました。しかし、ある突然の事件によって彼の世界は一変し、身近な人物を殺したという濡れ衣を着せられてしまいます。
その後、リバイバルによって悟は18年前、1988年へと飛ばされます。そこで彼は、事件とつながっているかもしれない幼少期の悲劇と向き合うことになります。悟は、自分の殺人事件が、クラスメイトの雛月加代の誘拐と殺害に結びついているのではないかと考えるようになります。加代は孤独で謎めいた少女であり、その運命はいまなお現在に影を落としています。悟にはためらっている余裕はなく、かつて暮らした町で本当に何が起きたのかを突き止め、加代の死を防ぎ、現在の大切な人々を守ろうとします。その一方で、もともと誰の目にも触れるはずのなかった一連の出来事のつながりを、少しずつ解き明かしていくのです。かつてのクラスメイトたちと再び関わりながら、周囲に隠された手がかりをたどる悟は、子ども時代の無垢さと、すでに何が失われるかを知っている大人としての切迫感の間で揺れ動くことになります。
