『電波教師』は、若き天才物理学者でありながら救いようのないオタクでもある鏡純一郎を描く。彼は、自分で診断した「YD」という持論に支配されており、心から「やりたい」と思うことしかできない。一般的なキャリアを築くよりもアニメブログの執筆や改善に熱中し、NEET生活を受け入れて、無理強いされているように感じることは避けている。
妹の鈴音に強く勧められて高校の物理教師として働くことになった純一郎は、自分の型破りな発想が、教科書では届かない形で生徒たちに響くことを知る。彼自身は教科書どおりに教えることにほとんど興味がないが、風変わりな授業、即興的な対応、そして普通の教育者らしく振る舞おうとしない姿勢によって、少しずつ生徒たちの心を引きつけていく。
物語が進むにつれ、純一郎は生徒たちが自分自身を受け入れ、真の友情を築き、より正直な生き方を見つける手助けをしていく。コメディに加え、自らの意志で生きることへの温かな視点を織り交ぜた本作は、「やりたいことをやる」ことで他者を支えるとは本当にどういうことなのかを問いかける。