デスノートは、凶悪な殺人や些細な窃盗、無意味な暴力が日常を汚す一方で、死神の世界は変わりばえのない退屈な賭博場でしかないという世界から始まる。天才的な17歳の日本人学生・夜神月と、サディスティックな死神リュークには、ひとつの共通認識がある。それは、それぞれの世界が腐っているということである。
退屈しのぎに、リュークはデスノートを人間界へと落とす。月はそれを偶然拾い上げ、ただちに最初のルールを試す。それは、このノートに名前を書かれた人間は死ぬ、というものだ。犯罪者の名を書き、その死が現実になるのを目の当たりにした月は、自分が手にした力の恐ろしさを悟る。やがて逡巡は誘惑に取って代わられ、月は自らの歪んだ正義感に従って世界を作り変えるため、ノートを使い始める。
キラを名乗る月は、悪と見なした者たちを社会から一掃しようと動き出す。しかし、死体が増えるほど、緻密な頭脳を持つ名探偵Lは真相に近づいていく。その先に待つのは、互いに一歩先を読み合う二人の天才による容赦ない頭脳戦である。あらゆる一手が事態の緊張を高め、正義、道徳、そして殺人を、死を賭した対立へと追い込んでいく。