『DearS』の物語は、150人の異星人を乗せたUFOが葛西沖に墜落してから1年後に始まる。船を修理できなかったため、日本政府は取り残された彼らを「DearS」と名づけ、日本人市民として社会に組み込み、地球で生きるために必要な言語、習慣、文化を教え込む。その移行を円滑にするため、ホームステイ制度によってDearSの客人は一般家庭に受け入れられ、人間と異星人の共生をめぐる不穏な実験が日常の中で進んでいく。
高校生のイクハラ・タケヤにとって、この新しい現実は悪夢である。彼はDearSを信用しておらず、彼らと関わりたくもないと思っていたが、ある日、異星人のカプセルを運んでいたトラックがそれを川辺に落とし、中にいた少女が拘束から解放されたことで状況は一変する。タケヤは彼女をトラックにはねられそうになるところから救い、レンと名づけるが、彼女は彼を自分の「マスター」として刻み込み、自身を彼専用の「スレイブ」としてしまっていた。レンは彼のそばを離れようとせず、タケヤの静かな日常はDearSの奇妙で混沌とした世界へと引き込まれていく。そこでは、もてなし、依存、混乱の境界が次第に制御しがたくなっていく。
