『ダーウィン事変』では、動物解放同盟（ALA）が妊娠中のチンパンジーを救出しようとして動物実験施設を襲撃するが、その作戦は思わぬ結果を招く。チンパンジーは、半人半チンパンジーの「ヒューマンジー」であるチャーリーを出産する。チャーリーは最初から人間の家族に育てられながらも、その特異な出自という重荷を背負い、二つの世界のはざまで生きる存在である。
それから15年後、養父母である人間の両親は、彼が普通の生活に入る準備ができたと考え、彼を一般の高校へ送り出す。そこでチャーリーは初めての人間の友人であるルーシーと出会い、これまで本当には知らなかった日常生活の、か弱いかたちを経験し始める。しかし、その希望は長くは続かない。ALAがさらに過激化するなか、同組織はチャーリーをテロ計画に引き込もうとして再び動き出し、彼の存在は危険な対立の中心へと押し込まれる。彼を守ろうとする者たちと利用しようとする者たちのあいだに挟まれたチャーリーは、自分を取り巻く力に向き合い、どちらの側にも完全には属さない者にとってどのような未来が可能なのかを選び取らなければならない。
