『ダークギャザリング』は、幼いころから強い霊媒体質によって霊を引き寄せてきた大学1年生・幻燈河螢多朗を中心に描く。あるトラウマ的な遭遇によって右手に呪いを受けたため、彼は常に手袋を着け、静かで平凡な生活を築こうとしている。幼なじみの宝月詠子に家庭教師の仕事を勧められた螢多朗が最初に担当することになった生徒は、詠子のいとこであり、家庭教師派遣会社の受け入れ講習で首席だった宝月夜宵だった。
夜宵は両眼に二つずつの瞳を持ち、霊界を見通し、自らの意思で怨霊を狩ることができる特異な力の持ち主である。自動車事故で両親を失って以来、彼女は母の魂を奪い去った強力な霊を探し続けてきた。霊は螢多朗に引き寄せられるため、夜宵は彼をその捜索に巻き込み、やがてその敵との対決で武器となる凶霊を集める手伝いを求める。ぎこちない協力関係として始まった二人の関係は、やがて怪異、呪い、執念深い復讐をめぐる危険な旅へと発展し、新たな霊が現れるたびに、螢多朗が前に進み続ける決意が試されていく。