『Daikenja Riddle no Jikan Gyakkou』は、友人たちと世界そのものが、Box of Maliceと呼ばれる謎の組織によって滅ぼされるのを目の当たりにした青年リドルを中心に描く。未来が破滅に沈んだ彼は、ただ一つのあり得ない願い、すなわち災厄が起こる前の瞬間へ戻り、それを未然に防ぐことだけを胸に抱き続ける。
千年後、その願いはついにかなう。リドルは時間を巻き戻され、若い姿で目を覚ますが、その奇跡には代償があった。彼は千年分の知識と経験を抱えたまま過去を生きねばならず、周囲の誰にもその重みを理解されないのである。大賢者リドルとなった彼は、この二度目の機会を生かし、Box of Maliceが再び世界を支配する前に対抗する方法を探っていく。
一歩進むたびに、彼は記憶と行動の間で揺れ続けることになる。すでに未来がどのようなものになり得るかを知っているからだ。後悔と運命、そして彼が愛したすべてを消し去った力が彼の前に立ちはだかり、彼の選択の一つ一つが、世界を救うか、あるいは悲劇を繰り返すかを決める。