『コッペリオン』の舞台は、核災害によって首都が汚染され、ほとんど見分けがつかなくなってから二十年が経ち、生者から封鎖された東京である。その荒廃した都市の中心にいるのは成瀬荊、深作葵、野村タエ子の三人の女子高生で、任務は決して普通ではないにもかかわらず、彼女たちは普通の生徒のような落ち着きで無人の街路を歩くことができる。派遣第三特別部隊コッペリオンのヘルスケア班の一員として、彼女たちは陸上自衛隊および三島鬼平大佐と協力し、死の地帯にまだ生存者がいないかを捜索する。
彼女たちが生存者を見つけるたびに、崩れた高層ビル群の向こうで待機する避難用ヘリコプターへと誘導し、封鎖された首都の外へ搬送する。しかし、東京の奥へ進むほど任務は危険さを増し、不穏さも強まっていく。崩れた建物、沈黙した高速道路、有毒な空気が、救助を決して容易ではないものにしており、さらに、荊、葵、タエ子が防護装備なしで汚染された都市を移動できるという事実は、彼女たちが何者なのか、そしてなぜ他の者には生き延びられない場所で生き残れるのかという難問を突きつける。『コッペリオン』は、生存、アイデンティティ、そして災厄が残した代償を物語の核心に据えている。
