『Cop Craft』の舞台はサンテレサである。15年前、太平洋上に超空間ゲートが出現し、地球と妖精や怪物の棲む奇妙な異世界がつながったことで、この都市は大きく変貌した。200万人を超える異世界からの来訪者の流入により、表向きは共存の街となった一方で、麻薬密売や売春をはじめとする犯罪も持ち込まれ、街路にはその影が落ちている。秩序を維持するため、サンテレサ警視庁は、都市で最も危険な事件を扱う特別部署を設置した。
元陸上自衛隊員のケイ・マトバは、その中でも屈指の腕を持つ刑事だが、必要とあれば規則を曲げることでも知られている。妖精密売事件が失敗に終わったことで、ケイは四年来の相棒で友人でもあったリック・フューリーを失い、復讐を誓う。捜査の過程で、彼はファルバニ王国の貴族であり、ミルヴォル騎士団の一員でもあるティラナ・エクセディリカと組むことになる。彼女の目的は、前回の事件でケイが遭遇した貴族妖精を取り戻すことだが、ケイ自身の人間以外の存在に対する偏見もあって、この相棒関係は決して容易ではない。ともに行動せざるを得なくなったケイとティラナは、互いの違いを乗り越え、行方不明の妖精を探し出し、両者の都市を脅かす犯罪の世界に立ち向かわなければならない。
