『Code:Breaker』は、桜小路桜を主人公とする物語である。桜は、一見すると快活そうな少女だが、その可憐な外見の下に、優れた格闘技の腕と揺るぎない公平感を秘めている。ある日、帰宅途中にバスの中で人々が青い炎に包まれて燃える光景を目撃した彼女は、すぐに警察へ通報するが、事件の痕跡は何一つ残っていなかった。翌日、さらに謎は深まる。転校生の大音櫻が彼女のクラスに現れたのだが、その正体は、彼女が冷酷に殺人を犯す場面を見た、あの少年だったのである。
学校では、零は親切で優しく、すぐに周囲の信頼を集めるため、桜の告発など到底信じられないものに聞こえてしまう。やがて桜は真実を知る。零は「存在しない者たち」の一人であるコードブレイカーであり、「目には目を」の理に従って正義を執行するため、謎の力を振るう存在だったのである。目を背けようとしない桜は彼のそばにとどまり、それ以上の犠牲が出る前に正しい道へ引き戻そうとする。ぎこちない二人のつながりが深まるにつれ、桜の抱く公平への信念は、零の容赦ない正義観によって試されていく。
