『クロックワーク・プラネット』は、地球の滅亡後に再構築された世界を舞台とする物語である。伝説的な時計職人Yが、歯車、コグ、そして精緻な機構で構成された代替惑星を創り出したのだ。この人工世界で暮らす三浦直人は、偉大な時計職人になることを夢見る少年である。彼は、音だけで機械を理解できるほど異常に鋭い聴覚を授かっているが、それでもなお、目立った成果を上げられずにいた。そんな静かな日常は、空から棺が彼のアパートに落ちてきたことで一変し、その中からY自身が鍛え上げた女性型自動人形リューズが姿を現す。
リューズの出現によって、直人は、名門時計職人一族の才気ある後継者マリー・ベル・ブレゲと、そのサイボーグの護衛ヴァイニー・ハルターの周囲へと引き寄せられていく。やがて三人は、千年以上にわたって人類が暮らしてきた時計仕掛けの惑星が崩壊し始めているという真実を突き止め、危険な争いへと巻き込まれていく。その秘密を掌握し、あるいは隠蔽しようとする勢力が動く中、直人、マリー、ヴァイニー、リューズは、世界を支える仕組みが完全に崩れ去る前に、歯車の下に保たれた脆弱な秩序のために戦うことを余儀なくされる。