『Btooom!』は、無職で母親と同居している若者・坂本竜太を描く作品である。彼には、人気オンラインゲーム『Btooom!』の日本最強プレイヤーであること以外に、これといった取り柄はない。その腕前は、ある日突然、彼がどうやってそこに来たのかも思い出せないまま、左手に緑色のクリスタルを埋め込まれた状態で人里離れた島に取り残されることで、呪いへと変わる。やがて彼は、自分が極めたゲームが現実に再現されていること、そしてそのルールには命に関わる代償が伴うことに気づく。
参加者には「BIM」と呼ばれる爆発物が入った袋が支給され、帰還する唯一の方法は他のプレイヤー7人を殺して彼らの緑色のクリスタルを奪うことである。竜太は当初、暴力を受け入れようとしないが、島にいるほかのプレイヤーが予想以上に危険な存在であることが明らかになるにつれて、生き延びるためにすぐ適応を迫られる。やがて彼は、同じく『Btooom!』のプレイヤーであるヒミコと協力し、島から脱出しながら、このゲームの背後にある真相を少しずつ解き明かしていく。謎が深まるにつれ、『Btooom!』は、不安定な同盟、揺れ動く信頼、そしてもはや仮想ではないゲームの冷酷な論理の上に成り立つ、緊迫した生存の戦いとなっていく。