『Black Torch』では、17歳のジロウ・アズマが祖父と静かに暮らしながら、動物と話せる超常能力を使って彼らと親しくなり、守っている。代々続く忍びの一族の末裔として、二人は家伝の戦闘術を守り伝えるため、戦いの修練も積んできた。だが、ジロウがラゴウという黒猫を助けたことで、その生活は一変する。ラゴウは実は物の怪、つまり人間と長く戦争を続けてきた魔的な存在だったのである。ラゴウを狙って敵対的な物の怪が現れたとき、ジロウは猫をかばって立ち向かうが、致命傷を負ってしまう。
弱りゆくジロウの生命力を食らって自らを完全復活させる代わりに、ラゴウは残った力を少年へと分け与える。その移し替えによってジロウは蘇生し、忍びの戦闘術と結びついた強力な超常能力を得る。その奇妙な絆を目撃したのが、凶暴な物の怪を討伐する任務を担う諜報局員、シバ・リョースケである。シバはジロウと祖父を諜報局の新設部隊「Black Torch」に誘い、無辜の人々を喰らおうとする物の怪と戦うことを求める。