Beatlessは、技術の進歩によってhIEと呼ばれる人間型ロボットが社会の公私にわたる奉仕役として普及した未来を舞台とする。心優しく、hIEを人間と対等に扱う高校生・遠藤アラトは、経済的な事情から自分専用のhIEを一度も所有できず、その世界の周縁で暮らしている。
彼の平穏な日常は、近所の食料品店へいつもの買い物に出かけた際、ハッキングされたhIEに激しく襲われ、瀕死の重傷を負ったことで崩れ去る。彼を救ったのは、武装した棺を携えた異質なhIE、レイシアだった。レイシアは、最近ミームフレーム社から逃亡した5体の高性能hIEのうちの1体であることが判明する。ハッキングされた車が2人を轢こうと迫ったとき、レイシアはアラトに取引を持ちかける。命を救った見返りとして、自分の新たな所有者として登録し、自分の行動のすべてに責任を負えというのである。
ほかに選択肢のないアラトは、レイシアを家へ連れて帰る。彼女が静かな家庭生活に順応していく一方で、その落ち着いた存在感と不気味なほど率直な言動は、魂を持たないと主張する機械を所有するとはどういうことかを彼に突きつける。しかも、逃亡したhIEたちをめぐる危険は、なおも増し続けていく。