バジリスクは、数世紀にわたって対立を続けてきた伊賀と甲賀の忍者一族を描く作品である。戦国大名・徳川家康が停戦を命じると、両家はいったん武器を置くが、その平和は表面を覆うだけで、水面下の憎しみを隠しているにすぎない。
それから数年後、甲賀弦之介と伊賀朧は恋に落ち、結婚によって和平を実現しようと望む。しかし両家の対立が再燃し、二人は再び戦争に巻き込まれる。争いの中心にあるのは跡継ぎ争いである。家康の二人の孫はいずれも次期将軍になる権利を主張しており、この問題を決着させるため、甲賀と伊賀にはそれぞれ精鋭十人を選び、血なまぐさいバトルロイヤルに送り込むよう命じられる。戦士たちの名が記された二本の巻物が配られ、誰かが倒れるたびに血で印が付けられていく一方、勝者は徳川幕府の恩恵を千年にわたって受けることになる。互いへの愛と一族への義務の間で引き裂かれながら、弦之介と朧は和平の代償と向き合い、両家の運命を決することになる。