B: The Beginningは、クレモナ列島を舞台とする作品である。そこでは、キラーBとして知られる自警の存在が、一部からは称賛を受ける一方で、別の者たちからは追われている。鋭い刃と超人的な能力を持つコクは、自らの手で裁きを下していく。その一方で、列島では、悪人を密かに処刑する事件から公人を狙った周到な襲撃まで、さまざまな犯罪が相次いでいる。キラーBを拘束できずにいた王立捜査局(RIS)は、個人的な喪失をきっかけに文書保管課へ左遷されていた、経験豊富でありながら風変わりな刑事キース・フリックを呼び戻す。キースが一連の暴力の背後にある法則性を探るにつれ、その犯行に関わっているのが一人ではないことが明らかになっていく。
猪突猛進な相棒の星名リリィの助けに加え、謎めいたキラーB本人からも思いがけない協力を得たキースは、秘密組織、国内テロ、人間実験が絡む陰謀を解き明かし始める。捜査が深まるほど、RISそのものが、正義の及ぶ範囲を超えた事柄に関与しているように見えてくる。ひとりの殺人犯を追うはずだった捜査は、やがてクレモナに潜むより大きな陰謀へとつながっていき、政府の腐敗だけでなく、近しい仲間たちが本当に信頼に値するのかどうかまでもが問われる。