Aoki Hagane no Arpeggio は、海面上昇によって世界の大部分が海中に沈んだ未来を舞台とする。謎の艦隊「霧の艦隊」が出現してから17年後、高度な戦闘艦で構成されたその大艦隊が海洋を支配し、世界各国の海軍を打ち破ったことで、人類は海上移動を断たれ、自力では太刀打ちできない勢力の影に生きることを余儀なくされている。物語は千早群像を中心に展開し、潜水艦I-401とそのメンタルモデルであるイオナとの予期せぬ出会いが、戦いの均衡を大きく変えていく。霧の艦隊の他の面々とは異なり、イオナは人類側につく意思を示しており、群像はI-401の艦上で、ブルースチールと呼ばれる少数の私掠船員たちとともに彼女と手を組む。
霧の艦隊との戦いが激化するにつれ、本作は戦術的な海戦、変化する同盟関係、そして人間と霧の艦隊との間にある不安定な信頼を軸に展開する。Aoki Hagane no Arpeggio は、戦略、登場人物同士の関係性、そして世界中の海軍力をすでに麻痺させた圧倒的な勢力に、たった一隻の艦が挑みうるかもしれないという危うい希望に焦点を当てつつ、SFとアクションを融合させている。