En 2035, ocurre un incidente conocido como “El Estallido” en un centro de investigación japonés, dando lugar a la “Materia”, una sustancia hostil que se expande rápidamente, se consume y se autorreplica. Deslizándose entre los restos de presas e instalaciones militares en la Garganta de Kurobe, la Materia es sitiada por unidades especiales que intentan evitar que alcance el océano y por mercenarios que buscan la verdad detrás de su existencia.
Aiko Tachibana vive bajo constante vigilancia médica tras haber sido rescatada de la Materia. Pasa los días esperando su recuperación haciendo aviones de papel. Pronto, su vida cotidiana en la escuela se ve alterada por la llegada del nuevo estudiante transferido Yuuya Kanzaki, que comienza a señalar varias inconsistencias respecto a su cuerpo. ¿Por qué nunca se lesiona y por qué de repente ya no necesita su silla de ruedas? Él afirma que hay más en su existencia de lo que le han hecho creer, y que ella sola posee la clave para poner fin al Estallido.
Con muchas facciones ahora interesadas en Aiko, ella y Yuuya deben reunir aliados y emprender una peligrosa peregrinación hacia el corazón de la garganta infestada antes de que la red pueda cerrarse a su alrededor. Para escapar de la conspiración que se cierne sobre ellos, la pareja deberá enfrentarse a la Materia: un enemigo que fluye como el agua.
[Escrito por MAL Rewrite]