『86』の舞台は、ギアーデ帝国との無血戦争を掲げるサンマグノリア共和国である。同国では、アルバ人の大多数が要塞化された壁の内側で安全に暮らしている。しかし、その平和は、名前と権利を奪われ、前線で無人戦闘ユニットを操縦させられる抑圧されたエイティシックスの命の上に成り立っている。共和国の内側の人々にとって、戦争は遠い標語にすぎない。一方、外側の人々にとって、それは使い捨てにされる存在として扱われる体制のもとで、日々生き延びるための闘いである。
ヴラディレーナ・ミリゼは、冷静沈着なシンエイ・ノウゼン率いるエイティシックスの精鋭部隊、スピアヘッド戦隊のハンドラーに任命される。レーナとシンが、互いを隔てる壁を越えて頼り合うようになるにつれ、『86』は、不信、罪悪感、悲嘆、そして脆い希望の可能性を描く物語へと広がっていく。シリーズ全体を通して、兵士、ハンドラー、そして戦争の機械は、非人間化によって支えられた国の中で、尊厳と人間性を保とうと苦闘する。