11eyesは、皐月駆と親友の長谷部ユカが、空が赤く染まり、月が黒く変わり、怪物たちが無人の街路を徘徊する、奇妙で敵意に満ちた並行世界「赤い夜」へと放り込まれるところから始まる。ほかの誰とも切り離され、なぜそこへ連れてこられたのかも明かされないまま、二人はこの不穏な世界の仕組みを理解しようとしながら、生き延びるために奮闘する。悪夢が束の間終わると、駆とユカはそれがすべて夢だったのかと訝しむが、やがて赤い夜が再び訪れ、二人はさらに危険な状況に閉じ込められる。
脅威が迫る中、二人は同じ境遇に陥った四人と出会う。剣の達人である草壁美鈴、駆の亡き妹に不気味なほど似た無口な少女・橘菊理、眼鏡を外すと冷酷な殺し屋のような人格へと戻る活発な少女・広原雪子、そして若き発火能力者・田島賢久である。互いに頼らざるを得なくなった六人は、答えを求めて手を組むが、彼らを見つめる影もまた、この世界そのものに劣らず危険であることを知ることになる。
