Mission: Yozakura Family sigue a Taiyo Asano, un tímido estudiante de secundaria que se ha distanciado de los demás desde que perdió a su familia en un accidente de coche. Su único vínculo constante es Mutsumi Yozakura, la bondadosa amiga de la infancia que pertenece a una familia de espías de élite, donde el secreto, los reflejos rápidos y las capacidades extraordinarias determinan la vida cotidiana. Cuando Taiyo se ve arrastrado al hogar de los Yozakura, la cómoda distancia entre la escuela y la casa desaparece, y se ve obligado a enfrentarse a un mundo que mide la confianza en términos de supervivencia.
A medida que los días escolares corrientes dan paso a misiones encubiertas, facciones rivales peligrosas y un entrenamiento implacable, Taiyo debe aprender las reglas de la familia y demostrar que puede estar a la altura de su oficio. Decidido a permanecer cerca de Mutsumi y proteger a las personas que le importan, poco a poco pasa de ser un muchacho ansioso y ajeno al grupo a alguien dispuesto a asumir las misiones de la familia. Mission: Yozakura Family combina la calidez de un hogar muy unido con los riesgos constantes del espionaje, y sigue a los Yozakura mientras aferran sus lazos en medio de la presión del secreto y el peligro.
