Yosuga no Sora sigue a Haruka y Sora Kasugano, unos hermanos gemelos que regresan al tranquilo pueblo rural de su infancia tras perder a sus padres en un accidente repentino. Al volver a la vieja casa familiar, se ven obligados a convivir con los recuerdos del pasado mientras intentan construir una nueva vida entre calles y campos que les resultan familiares. Mientras Haruka retoma el contacto con conocidos de toda la vida y Sora lucha con sus propias emociones frágiles, los gemelos quedan atrapados en una red de amistad, afecto, celos y tensión que poco a poco altera la calma de la pequeña comunidad que los rodea.
Ambientada en una aldea del campo, lejos del ruido de la ciudad, Yosuga no Sora explora cómo el duelo, el aislamiento y la dependencia pueden moldear las relaciones. La historia presenta a Haruka a varias chicas y amigos del pueblo, cada uno de los cuales aporta un peso emocional distinto a su vida, desde la familiaridad de la infancia y el apoyo silencioso hasta el anhelo no resuelto y la rivalidad. Lejos de tratar el regreso al hogar como un simple reinicio, la serie lo utiliza para revelar cómo los viejos vínculos pueden profundizarse, romperse o volverse imposibles de ignorar. En su centro, Yosuga no Sora es un drama melancólico sobre la memoria, la cercanía y las decisiones incómodas que toman las personas cuando el pasado se niega a permanecer enterrado.