Yoru no Kurage wa Oyogenai, también conocida como Jellyfish Can't Swim in the Night, sigue a Mahiru Kouzuki, una joven artista talentosa que dejó de dibujar después de que sus compañeros de primaria se burlaran del mural de medusas de colores que había creado. Ese dolor perdura durante años y la aleja de una pasión que antes le brotaba con naturalidad. Su vida empieza a cambiar cuando conoce a Kano Yamanouchi, una antigua idol con un pasado turbulento y un sueño al que se niega a renunciar.
Cuando le piden a Mahiru que diseñe la mascota del nuevo proyecto musical de Kano, JELEE, da su primer paso de regreso al mundo creativo que había dejado atrás. Para ayudar a convertir el proyecto en algo real, recurre a su amiga de la infancia y streamer profesional Kiui Watase para que colabore en el primer videoclip musical de JELEE. El grupo se amplía con Kim Anouk Mei Takanashi, pianista y ferviente seguidora del trabajo de Kano como idol, y juntas empiezan a perseguir el objetivo de convertir JELEE en un éxito mundial.
A medida que su colaboración se intensifica, cada una de ellas debe enfrentarse a sus inseguridades, decepciones y a las cargas que las han acompañado durante años, aprendiendo a seguir adelante sin permitir que el pasado decida en quiénes pueden convertirse.