Yomi no Tsugai se ambienta en una aldea aislada donde nacen gemelos bajo una extraña división entre el día y la noche, y donde Yuru crece como cazador de animales mientras su hermana Asa permanece encerrada en una jaula y se le asigna una función especial que limita quién puede verla.
Ese frágil equilibrio se rompe cuando unos hombres armados que llegan en helicóptero, a quienes los aldeanos llaman «dragones», asaltan la aldea en busca de Yuru y matan a todos los adultos a la vista. Mientras Yuru intenta llegar hasta Asa y escapar, se ve arrastrado a una crisis más profunda, en la que las secuelas del ataque y una misteriosa mujer vinculada a la agresión, que afirma ser su verdadera hermana gemela, complican aún más la situación.
Yuru es rescatado por Ryuu «Dera» Tadera, un forastero que visita con frecuencia la aldea, pero el alivio dura poco y pronto ambos vuelven a quedar acorralados. En un intento desesperado por sobrevivir, Dera obliga a Yuru a ofrecer una ofrenda a la deidad de la aldea, lo que convoca a una pareja de demonios cuya existencia empieza a revelar la verdad detrás del asalto, de los gemelos y del poder oculto que mantiene unida a la aldea.
