Wotaku ni Koi wa Muzukashii se centra en un grupo de adultos trabajadores cuyas rutinas de oficina son inseparables de unas aficiones que por lo general intentan mantener en privado. En su primer día en un nuevo empleo, Narumi Momose está decidida a ocultar que es tanto otaku como fujoshi, pero el plan se viene abajo en cuanto se cruza con Hirotaka Nifuji, un amigo de la secundaria que la conoce lo bastante bien como para descubrir cualquiera de sus intentos de guardar el secreto. Cuando Narumi lo invita a tomar algo después del trabajo, Hirotaka menciona con toda naturalidad el próximo Comiket de Verano y la deja en evidencia delante de Hanako Koyanagi y Tarou Kabakura. La humillación no dura mucho: los únicos testigos también son otaku, y ese reencuentro incómodo se convierte en el inicio de un círculo compartido en torno al trabajo, la amistad y el fandom.
Mientras toman algo esa noche, Narumi y Hirotaka se ponen al día tras años sin verse, y Narumi admite que un exnovio rompió con ella porque se negaba a salir con una fujoshi. Hirotaka le responde con una sinceridad práctica y le sugiere que, en lugar de eso, salga con otro otaku; concretamente, con él. Le promete que siempre estará a su lado, que la apoyará y que la ayudará a conseguir objetos raros en Monster Hunter, y Narumi acepta de inmediato. A partir de ahí, la serie sigue su romance, adorablemente torpe, junto con la relación más mordaz y consolidada entre Hanako y Kabakura, y encuentra la comedia en los intereses compartidos, la franqueza sin rodeos y el caos cotidiano de la vida adulta otaku.