En Witch Watch, una antigua leyenda cuenta que las brujas se casaban en otro tiempo con los familiares que habían tomado forma humana y que de esas uniones surgió un linaje de ogros. Morihito Otogi es uno de ellos: un chico con aspecto humano, pero dotado de la abrumadora fuerza de su linaje. Nico Wakatsuki es su amiga de la infancia y una joven bruja que pasó años fuera, en la Tierra Santa de las Brujas, como parte de su formación, lo que mantuvo a ambos separados hasta el momento en que ella regresa a casa justo antes de que Morihito empiece el instituto.
Nico vuelve con un único objetivo, torpe pero sincero: quiere que Morihito se convierta en su familiar. A diferencia del gato o el murciélago que una bruja elegiría normalmente, lo quiere a su lado en todos los sentidos, aunque él apenas perciba los sentimientos que se esconden detrás de su insistencia. Como los padres de Morihito están fuera, los dos terminan compartiendo techo, y él acepta a regañadientes la situación. Mientras ayuda a Nico a adaptarse a la vida en la sociedad humana, también asume la tarea, mucho más peligrosa, de mantenerla a salvo del desastre que está destinado a alcanzarla. Entre el entrenamiento mágico, el caos doméstico y la tensión de convivir bajo el mismo techo, Witch Watch combina comedia sobrenatural, romance y peligro en torno a una pareja cuyo vínculo ya es mucho más profundo de lo que ninguno de los dos admite del todo.