Witch Craft Works se centra en Honoka Takamiya, un estudiante corriente de la preparatoria Tougetsu que no desea otra cosa que llevar una vida tranquila. Cada mañana toma el mismo autobús que Ayaka Kagari, la inalcanzable “Princesa” de la escuela, y se sienta a su lado en clase, aunque ella está rodeada de admiradores y mantiene las distancias con todos los que la rodean.
Esa rutina se rompe cuando Honoka es atacado por una misteriosa bruja y Ayaka interviene para salvarlo. Entonces revela que es una bruja de fuego que lo ha estado protegiendo en secreto y, a partir de ese momento, Honoka queda arrastrado a la guerra oculta entre las brujas del Taller, que protegen a los ciudadanos comunes, y las brujas de la Torre, que buscan arrebatar el poder que se oculta en su interior. El mundo que él creía ordinario está de pronto lleno de magia escondida a simple vista, y cada día en la preparatoria Tougetsu se convierte en un campo de batalla a punto de estallar.
A medida que el conflicto se intensifica, Honoka debe aprender a sobrevivir en un mundo cuya existencia nunca sospechó, mientras la feroz devoción de Ayaka la convierte tanto en su escudo como en su aliada más importante. Juntos se ven obligados a enfrentarse a batallas que revelan cuánta amenaza ha estado aguardando bajo la tranquila superficie de Tougetsu.
