Kenja no Mago sigue a Shin Wolford, un trabajador de oficina japonés que muere y renace en el reino de Earlshide. Acogido por el legendario mago Merlin Wolford y criado desde bebé, Shin recibe entrenamiento en magia y artes marciales hasta convertirse en un prodigio abrumador, aunque su mayor debilidad es su absoluta falta de sentido común y de habilidades sociales.
Cuando Shin ingresa en la Academia de Magia de Earlshide a los 15 años, espera aprender a llevar una vida normal y hacer amigos. Sin embargo, sus extraordinarias capacidades atraen de inmediato la atención de sus compañeros, de la nobleza y de figuras poderosas de la capital. Lo que debería ser una experiencia escolar corriente se convierte una y otra vez en incidentes capaces de afectar la paz del reino, obligándolo a enfrentarse a la política, el peligro y una atención pública que nunca buscó. La serie equilibra aventura fantástica, vida académica y comedia, aprovechando el contraste entre el inmenso poder de Shin y su torpe crianza para dar forma tanto a la acción como al humor. La inusual decisión de Merlin de criarlo alejado de la sociedad también influye en la forma en que Shin afronta cada nueva relación.