En NHK ni Youkoso!, Tatsuhiro Satou, un joven de 22 años que abandonó la universidad, lleva casi cuatro años aislado del mundo exterior como hikikomori, viviendo solo en un piso estrecho en el que cada día transcurre entre la rutina, la paranoia y las ideas conspirativas. Llega a convencerse de que su aislamiento está alimentado por la Nihon Hikikomori Kyokai, o NHK, una supuesta organización en la sombra que, cree, manipula a personas recluidas como él. Para Tatsuhiro, incluso el paso más pequeño fuera de su habitación se convierte en una lucha contra el miedo, la vergüenza y los hábitos que ha ido forjando para mantener a la sociedad a distancia.
Esa frágil rutina empieza a cambiar cuando conoce a Misaki Nakahara, una joven enigmática que se ofrece a ayudarlo a enfrentarse a su aislamiento y a recuperar su futuro. Mientras Tatsuhiro se enfrenta a la búsqueda de empleo, la ansiedad social y el caos de sus propias creencias autodestructivas, ambos forjan un vínculo incómodo que poco a poco lo empuja hacia la posibilidad de reintegrarse. Combinando drama psicológico y comedia negra, NHK ni Youkoso! retrata una lucha dolorosamente sincera por salir al exterior, confiar en los demás y sobrevivir a las presiones de la vida moderna sin perder de vista lo difícil que puede ser ese proceso.