Wasteful Days of High School Girls sigue a Akane Kikuchi cuando llega al instituto femenino Sainotama para su ceremonia de ingreso, todavía pensando en su sueño de la infancia de convertirse en mangaka, algo que en realidad nunca se había propuesto perseguir. Pronto descubre que le ha tocado en la misma clase que sus dos mejores amigas: la imperturbable y sin expresión Shiori Saginomiya y la ruidosa y disparatada Nozomu Tanaka.
Tanaka se enfrenta de inmediato a la realidad de que su sueño de la escuela primaria de hacerse popular entre los chicos y encontrar novio es imposible en un instituto solo para chicas, así que empieza a insistir a las demás alumnas para que le presenten a sus amigos varones. En cambio, se ve rodeada por una clase llena de excéntricos. Hay una loli amante de las abuelas, un chūnibyō recluido y una acosadora excesivamente analítica; cada uno es lo bastante extraño como para que Tanaka les ponga un apodo que capture su peculiar forma de rareza.
A partir de ahí, la serie convierte sus días escolares corrientes en un desfile incesante de conversaciones caóticas, malentendidos absurdos y pequeños dramas cotidianos, todo ello en una comedia que arranca cada vez con la frase favorita de Tanaka: «Oye, ¿quieres oír algo increíble?»