En Tougen Anki, los linajes de los Oni y los Momotarou llevan miles de años en guerra. Los Oni son humanos de apariencia demoníaca cuya propia ferocidad los llevó en otro tiempo a aislarse, pero esa frágil paz se quebró cuando los Momotarou lanzaron un ataque, desatando un conflicto que con el tiempo se consolidó en dos fuerzas enfrentadas conocidas como la Agencia Oni y la Agencia Momotarou. En la actualidad, Shiki Ichinose, un aficionado a las armas de fuego de carácter impulsivo, parece llevar una vida despreocupada, hasta que su expulsión del instituto y un ataque repentino lo arrastran a una violenta lucha que jamás habría imaginado. Mientras su padre adoptivo, Tsuyoshi, lo pone a salvo, Shiki descubre la verdad sobre su linaje: desciende de los Oni, mientras que tanto Tsuyoshi como quien los persigue pertenecen al linaje Momotarou.
La revelación desemboca en una feroz batalla en la que Tsuyoshi se sacrifica para proteger a Shiki, desencadenando así el poder oculto en la sangre oni de este. Ese despertar le concede una fuerza inmensa, pero a costa de hacerlo perder el control, y, aunque el enemigo logra escapar, el incidente atrae la atención de Naito Mudano, un profesor oni de la Academia Rasetsu. Bajo la tutela de Mudano, Shiki se adentra en el mundo de los Oni para aprender a controlarse, vengar a su padre y sobrevivir a una guerra hereditaria que también lo vincula con figuras como Jin Kougasaki.
