En Tokyo Ravens, el onmyoudou —utilizado en su día por Japón durante la Segunda Guerra Mundial para ganar ventaja— se ha modernizado hasta convertirse en una disciplina que apoya la medicina y la tecnología, aunque Tokio sigue viviendo las secuelas del Gran Desastre Espiritual. Aquella catástrofe, provocada por el venerado onmyouji Yakou Tsuchimikado, dejó a la capital sumida en el caos espiritual y dio lugar a la creación de la Agencia Onmyou, cuyos exorcistas contienen los desastres y combaten a los demonios que se filtran en el mundo humano.
Harutora Tsuchimikado pertenece a la rama secundaria del clan Tsuchimikado, pero, a diferencia de los herederos talentosos que lo rodean, no tiene aptitud para la magia e intenta llevar una vida normal. Años antes, prometió permanecer al lado de Natsume, heredera de la rama principal y supuesta reencarnación de Yakou, y servirle de familiar. Cuando un miembro destacado de la Agencia Onmyou intenta recrear el experimento que contribuyó a la caída de Japón, Harutora decide por fin cumplir esa promesa. Lo que comienza como el regreso a un vínculo del pasado arrastra a Harutora y a Natsume a una lucha que trasciende la vida escolar y alcanza el centro de la crisis espiritual de Tokio.
