Tokyo Ghoul se desarrolla en un Tokio en el que los humanos conviven con ghouls devoradores de carne que se ocultan a plena vista y sobreviven alimentándose de personas. Ken Kaneki, un universitario tranquilo que solo desea llevar una vida normal, se ve arrastrado a ese mundo secreto después de que un encuentro fortuito con la enigmática Rize Kamishiro se convierta en una pesadilla. Sobrevive al ataque únicamente porque recibe sus órganos en un trasplante, lo que lo deja atrapado entre ambas especies como un medio ghoul.
Obligado a moverse entre los dos lados de la división, Kaneki debe aprender las reglas de la sociedad ghoul mientras intenta comprender una ciudad en la que la confianza es frágil y cualquier alianza puede desmoronarse. Los investigadores humanos continúan su caza para erradicar a los ghouls, mientras el mundo oculto bajo Tokio se vuelve cada vez más peligroso y dividido. Atrapado entre el miedo humano y la supervivencia de los ghouls, Kaneki lucha por proteger lo que queda de su humanidad y encontrar un lugar en un conflicto en el que ninguno de los dos bandos puede confiar en él.