En Jibaku Shounen Hanako-kun, los Siete Misterios que acechan a la Academia Kamome convierten los rumores escolares en un peligro real, y ninguno es más célebre que Hanako-san, el fantasma que, según se dice, habita en el baño de chicas. La leyenda promete que quien logre invocarla podrá pedir un deseo, así que los rumores siguen atrayendo a estudiantes curiosos y a creyentes desesperados a los rincones ocultos de la academia.
Nene Yashiro, con la esperanza de atraer la suerte en el amor, decide comprobar la historia por sí misma. Pero, en lugar de la chica que esperaba, se encuentra con Hanako-kun, un espíritu masculino ligado al baño y a las extrañas reglas que rigen el mundo sobrenatural de la academia. Tras una سلسلة de desgracias relacionadas con su deseo, Nene queda arrastrada a ese mundo y se convierte en la ayudante de Hanako-kun.
A medida que ambos trabajan juntos, Nene descubre que Hanako-kun tiene una responsabilidad menos conocida: mantener el delicado equilibrio entre los mortales y las apariciones. Entre leyendas embrujadas, alianzas inciertas y los secretos de la Academia Kamome, su vínculo se convierte en el corazón de la historia.