Toaru Hikuushi e no Koiuta se desarrolla en un mundo donde una antigua mitología habla de un «fin del cielo» oculto más allá de las nubes. Enviado a Isla, una gran isla que surca los cielos en dirección a esa frontera desconocida, Kal-el Albus ingresa en la División Aérea del Instituto Cadoques e intenta vivir como un estudiante corriente. Detrás de esa tranquila rutina se esconde el pasado de Carl La Hire, un príncipe que lo ha perdido todo y que lleva consigo, en este viaje, ira, dolor y ansias de venganza. En la escuela comparte clases, entrenamiento y una vida cotidiana aparentemente despreocupada con compañeros como Claire Cruz, Ariel Albus e Ignacio Axis.
Esa calma no dura. Un ataque sorpresa de la Tribu del Aire arroja a Isla a una guerra sangrienta y convierte su expedición en una lucha por la supervivencia. A medida que las batallas en el cielo se recrudecen, Kal-el y sus compañeros se ven obligados a enfrentarse tanto al odio que divide a las naciones como a los lazos que van surgiendo entre ellos. El romance, los combates aéreos y el drama de crecimiento se unen en una historia sobre jóvenes pilotos que atraviesan los cielos en busca del confín más remoto del mundo.