En Thunder 3, tres escolares corrientes se hacen con un DVD que, según se dice, abre una puerta a un universo paralelo. Antes de que puedan entender lo que han encontrado, la hermana pequeña de Pyontarou, Futaba, atraviesa la abertura y es secuestrada por los alienígenas que se han apoderado de esa versión de la Tierra.
Con Futaba desaparecida, los chicos se ven arrastrados a una misión de rescate a través de un mundo que les parece equivocado en todos los sentidos. Sus cuerpos caricaturescos, que en casa parecen normales, se convierten en una ventaja inesperada en el universo paralelo hiperrealista, donde pueden actuar como superhombres frente a enemigos y peligros mucho mayores de lo que imaginaban. A medida que avanzan por este paisaje dominado por los alienígenas, deben apoyarse en su extraña ventaja física, su amistad y su determinación para traer de vuelta a Futaba.
Thunder 3 combina la aventura de ciencia ficción con un humor excéntrico, y aprovecha el contraste entre las formas exageradas de los chicos y la dura realidad de la Tierra paralela para impulsar una historia ágil sobre la supervivencia, el rescate y el inquietante poder de otro mundo.