The Tatami Galaxy sigue a un solitario estudiante de tercer curso que repasa los dos años que ya ha desperdiciado en la universidad tras un encuentro fortuito con un hombre de cabeza con forma de berenjena y un autoproclamado dios del matrimonio. Una noche de otoño, en un misterioso puesto de ramen detrás del santuario de Shimogamo, revive el tiempo que pasó con su único amigo, Ozu, un alborotador de aspecto siniestro que parece decidido a hacerle la vida imposible arrastrándolo a tramas para romper parejas en el campus. Cada recuerdo agudiza su arrepentimiento y su esperanza de que aún pueda sacar algo valioso de su vida universitaria.
Cuando intenta invitar a salir a Akashi, una estudiante de un curso inferior, reservada pero bondadosa, y fracasa en el momento decisivo, es arrojado de vuelta al comienzo de sus años universitarios. A partir de ahí, The Tatami Galaxy convierte ese reinicio imposible en una historia surrealista y enérgica sobre las decisiones, el arrepentimiento y esa vida universitaria color de rosa que siempre imaginó. Una y otra vez intenta elegir de otra manera, en busca de la amistad, el amor y un camino que no termine en los mismos callejones sin salida, mientras el mundo que lo rodea sigue poniendo a prueba hasta qué punto una sola decisión puede cambiar el rumbo de una vida.