En The New Gate, Shinya «Shin» Kiritani pone fin a la larga crisis de un mortífero juego de realidad virtual al derrotar al jefe final, Origin, convencido de que por fin podrá cerrar sesión. Sin embargo, es arrojado a una nueva realidad que refleja el mundo que una vez conoció, salvo que han transcurrido quinientos años desde el final del juego. Sus habilidades siguen intactas, la interfaz del juego continúa respondiéndole y todo apunta a un mundo que no debería existir tal como ahora se presenta ante él.
Aislado del mundo real y sin una forma evidente de regresar, Shin empieza a buscar una salida en esta era desconocida. En esa búsqueda conoce a Tiera Lucent, recepcionista de hotel que además es discípula de Schnee Raizar, uno de los antiguos miembros del grupo de Shin. Gracias a Tiera, Shin encuentra una pista que seguir mientras intenta reunirse con Schnee y descubrir la verdad que se oculta tras The New Gate, al tiempo que averigua por qué fue enviado hasta allí y qué esconde este mundo futuro. Combinando la aventura fantástica con la mecánica propia de un mundo de juego, la serie sigue a Shin por una tierra marcada por antiguas victorias, lazos que perduran y preguntas sin respuesta que no hacen más que multiplicarse a medida que avanza.