En Heaven's Design Team, la tarea de crear la vida no recae directamente en Dios. Tras crear los cielos y la tierra, Dios decide que idear todos y cada uno de los animales que poblarán el planeta es demasiado engorroso, así que encarga la labor a un departamento celestial de diseño. Quien sirve de enlace entre el cliente y los creadores es Shimoda, un ángel recién contratado que transmite las peticiones divinas y observa desde dentro de la oficina cómo se desarrolla el proceso.
Cada encargo se convierte en un extraño pero minucioso desafío de diseño, mientras el equipo intenta cumplir los requisitos de Dios. Shimoda observa a compañeros como Mizushima, Kimura, Tsuchiya, Kanamori, Ueda, Higuchi, Meido y Unabara debatir sobre la forma, la función y la viabilidad mientras desarrollan nuevas criaturas. De sus ideas nacen jirafas, serpientes, aves, osos hormigueros y un sinfín de otras especies, y cada propuesta se somete a prueba frente a las exigencias prácticas de cómo un animal debe vivir, moverse, alimentarse y sobrevivir. La serie convierte esos intentos y aciertos en una comedia de oficina construida en torno a la infinita variedad de la vida y a la imaginación necesaria para crearla.