Estados Unidos ha estado sumido en el caos desde la aparición de los D2, una especie invasora originaria de un meteorito negro que cayó a la Tierra. Un decreto público prohibió a los ciudadanos tocar cualquier melodía, para evitar más víctimas causadas por el odio de los D2 hacia la música; incluso ahora, en 2047, esta prohibición sigue vigente. La única forma de defensa de la humanidad contra los D2 son las Musicarts, jóvenes que representan piezas de música clásica; y los Conductores, quienes las controlan.
Takt Asahina, un prodigio del piano distante, se convierte en Conductor tras un ataque espontáneo de un D2. El mismo incidente acaba con la vida de la hermana menor de Anna Schneider, Cosette, y lleva a Takt a encontrarse con su Musicart, Destiny. En busca de una forma de estabilizar el pacto entre ellos, Takt y Destiny—junto a Anna—se embarcan en un peligroso viaje hacia la sede de Symphonica en la ciudad de Nueva York.
Takt tiene prisa por llegar a la ciudad para poder tocar el piano de nuevo, a pesar de que su pasión atrae a las criaturas que ha llegado a despreciar. Mientras tanto, el sentido del deber de Destiny arrastra al grupo a problemas en el camino. Con un camino infestado de D2 y muchos más obstáculos arduos por delante, ¿logrará el trío llegar a la ciudad de Nueva York en una sola pieza?
