Takopi's Original Sin sigue a Takopii, un pequeño Happian con aspecto de calamar que abandona su planeta natal decidido a repartir felicidad por todo el universo. Tras aterrizar en la Tierra y encontrarse en peligro de ser capturado por sus habitantes, es rescatado por Shizuka Kuze, una niña callada que le da de comer y le pone el nombre de Takopii. Agradecido por su amabilidad, decide hacer todo lo que esté en su mano para arrancarle una sonrisa.
Ese objetivo resulta mucho más difícil de lo que esperaba. Shizuka sufre acoso por parte de sus compañeros, no tiene padre y suele estar sola porque su madre nunca está en casa, aunque el verdadero peso de esos problemas va mucho más allá de lo que el ingenuo Takopii puede llegar a comprender al principio. Aun así, Shizuka sí cuenta con una fuente de consuelo: su perro, Chappy. El vínculo entre Shizuka y Chappy no hace sino reforzar el deseo de Takopii de ayudarla.
Mientras Takopii sigue intentando animarla, sus esfuerzos conducen una y otra vez a consecuencias imprevistas. Armado únicamente con sus tentáculos, su inocencia y una comprensión limitada del comportamiento humano, le cuesta entender por qué la bondad por sí sola no siempre basta, aunque sigue aferrándose a su misión de repartir felicidad.
