Taimadou Gakuen 35 Shiken Shoutai transcurre en un mundo acosado por peligros mágicos, donde unos guerreros especialmente entrenados, conocidos como Inquisidores, reciben la misión de impedir esas amenazas y otros actos peligrosos sin recurrir a violencia innecesaria. En el centro de ese sistema se encuentra la Academia Antimagia, un centro especializado que entrena a sus alumnos en pequeñas escuadras para que aprendan a combatir como una unidad y a soportar la presión de la jerarquía competitiva de la academia. Una de esas escuadras es el 35.º Pelotón de Prueba, apodado el «pelotón de los insignificantes» por su bajo rango y por lo torpes e ineficaces que son sus miembros.
El frágil equilibrio del pelotón se tambalea cuando Ouka Ootori, una poderosa pero rebelde antigua Inquisidora, se ve obligada a incorporarse tras cometer una grave infracción: matar a una bruja. Su llegada genera de inmediato tensiones con el torpe capitán Takeru Kusanagi y el resto del equipo, sobre todo porque la postura inflexible de Ouka hacia las brujas la enfrenta con los demás. Mientras el 35.º Pelotón de Prueba lucha por ascender en la jerarquía de la Academia Antimagia, sus miembros deberán superar sus choques y aprender a confiar unos en otros si quieren tener alguna oportunidad de salir adelante juntos.