Super Cub sigue a Koguma, una discreta estudiante de segundo año de instituto que siente que su vida se ha quedado sin todo aquello que suele servir de apoyo a una adolescente: no tiene padres, aficiones, amigos ni metas. Una tarde, de camino a casa, se detiene en una tienda de vehículos con la esperanza de comprar una motoneta, pero descubre que incluso los modelos más baratos están fuera de su alcance. Con poco dinero de sobra, está a punto de marcharse desanimada.
Justo cuando está a punto de rendirse, el dueño de la tienda le ofrece una Honda Super Cub de segunda mano por diez mil yenes. Koguma acepta, pensando que el vehículo quizá aporte algo de color a su mundo, por lo demás monótono. Lo que empieza como una compra práctica pronto se convierte en el centro de una tranquila transformación: mientras recorre la ciudad y hace pequeños recados, la motocicleta la lleva a vivir modestas aventuras, nuevas rutinas y amistades que nunca esperaba tener. En el ritmo sereno de los trayectos cotidianos, Super Cub retrata cómo una máquina sencilla puede abrir la puerta a la independencia, la confianza y una vida que por fin parece avanzar.
