Sunohara-sou no Kanrinin-san (Miss Caretaker of Sunohara-sou) sigue a Aki Shiina, un chico cuyos rasgos delicados hacen que a menudo lo confundan con una chica. Con la esperanza de dejar atrás esa incomodidad, se muda a una residencia estudiantil en Tokio y se matricula en la escuela secundaria, decidido a cambiar la imagen que tiene de sí mismo y la que los demás tienen de él.
En Sunohara-sou, Aki encuentra un apoyo inesperado en Ayaka Sunohara, la encargada, cálida pero traviesa, que pronto lo acoge bajo su protección. La residencia también alberga a chicas del consejo estudiantil, cada una con una personalidad fuerte y la costumbre de burlarse de su aspecto femenino. Lo que empieza como una adaptación incómoda se convierte en una sucesión de pequeños contratiempos, bromas y apoyo sincero, con una comedia de tono ecchi que mantiene un ambiente ligero. Mientras las residentes lo empujan y lo animan a partes iguales, Aki va ganando confianza poco a poco, ayuda a quienes lo rodean y aprende a manejar la atención que despierta. Lejos de convertir la residencia en un campo de batalla de chistes, Miss Caretaker of Sunohara-sou termina siendo un hogar sorprendentemente acogedor, donde la vergüenza y la amabilidad conviven.