Yorito Morimiya está obsesionado con el cielo. Sobre todo le encanta fotografiar sus distintos rostros: amaneceres, atardeceres, nubes. En una de sus excursiones matutinas para capturar el amanecer, Yorito se topa con una chica extraña enfrascada en una discusión con una máquina expendedora. Cuando Yorito logra sacar el jugo de tomate de la máquina, ella ha desaparecido sin dejar rastro.
Sola sigue la historia de Yorito, su hermana Aono y sus amigas de la infancia Mana y Koyori Ishizuki, así como la de una misteriosa chica que aparece y desaparece y que parece guardar un oscuro secreto. En un mundo donde la magia y lo sobrenatural nunca están lejos de la superficie y nadie es quien aparenta ser, el amor y la soledad compiten por la supremacía bajo el cielo de Yorito.