Kumo desu ga, Nani ka? comienza con una catástrofe en el aula que arrasa con la vida normal de un grupo de estudiantes y los traslada a un nuevo mundo de magia, monstruos y reglas peligrosas. Mientras algunos de los niños reencarnados reciben la ventaja de un estatus noble o real, una chica despierta convertida en un débil monstruo araña en lo más profundo de una mazmorra mortal, aislada de toda comodidad y obligada a sobrevivir en el último escalón de la cadena alimentaria.
Sin acceso al camino más fácil de los demás, debe cazar, obtener habilidades y evolucionar solo para seguir con vida. Cada encuentro en la mazmorra pone a prueba su capacidad de adaptación, y la estructura del mundo, similar a la de un juego, convierte cada avance en una lucha contra monstruos más poderosos y condiciones más duras. A medida que su lucha continúa, las consecuencias de la reencarnación empiezan a extenderse hacia el exterior y afectan al mundo en general, vinculando su supervivencia con el destino de los compañeros de clase que renacieron junto a ella. La serie combina supervivencia, crecimiento y un conflicto cada vez mayor mientras ella sigue abriéndose paso en un mundo que solo recompensa la inventiva, la perseverancia y la voluntad de resistir.