En Silver Guardian, Suigin Riku, estudiante de instituto y aficionado a los videojuegos, estudia en la prestigiosa Academia Privada Shinryou, una escuela creada para la élite y los hijos de las familias adineradas. Suigin no tiene ni ese dinero ni ese estatus; para pagar la matrícula, encadena trabajos a tiempo parcial y vive muy por debajo del mundo que lo rodea. Durante uno de esos trabajos, se lanza a una piscina para salvar a su gato, aunque no sabe nadar, y Rei Riku, la hermosa y popular hija de un desarrollador de videojuegos, lo rescata. Pronto se enamora de ella.
Al mismo tiempo, Suigin se siente atraído por otra chica que conoce en Dungeon Century, su RPG en línea favorito. Cuando está previsto que el juego cierre, da por hecho que las aventuras que compartieron han terminado. Pero, al día siguiente del cierre, descubre que Rei y la chica del juego son la misma persona. Poco después, Rei le entrega un nuevo juego diseñado para sustituir a Dungeon Century: Grave Buster, una aventura de saqueo de tumbas. Cuando Rei es secuestrada de repente, Suigin es arrastrado al interior de Grave Buster y emprende la misión de salvarla.
Gin no Guardian convierte esa misión de rescate en una búsqueda de los secretos ocultos dentro del juego, y sumerge a Suigin cada vez más en un peligroso mundo virtual vinculado al destino de Rei.