Shuumatsu no Izetta transcurre en una 1939 alternativa, en la que Germania ya ha dejado tras de sí un rastro de destrucción por Europa y se prepara ahora para atacar a Elystadt, un pequeño reino alpino que parece destinado a derrumbarse ante el peso de un ejército muy superior y una serie de victorias previas. A medida que la amenaza se acerca, la princesa Ortfiné “Finé” Fredericka von Eylstadt es capturada por soldados germanos cuando se dirigía a una reunión crucial con Britannia, dejando a Elystadt con escasas esperanzas de un rescate diplomático.
Al mismo tiempo, una misión de transporte de Germania sale mal y libera a Izetta, la última bruja con vida. Cuando Izetta reconoce a Finé por haber compartido la infancia, usa su poder mágico para salvar a la princesa y jura defender Elystadt. Lo que sigue es una desesperada alianza en tiempos de guerra entre un reino atemorizado y la última bruja superviviente, mientras Finé e Izetta se convierten en la mejor esperanza del país para plantar cara a un gigante bélico imperialista y ganar a Elystadt una última oportunidad de contraatacar y cambiar el curso del conflicto.