En World's End Harem, el estudiante de medicina tokiota Reito Mizuhara descubre que padece esclerosis celular, una enfermedad rara y mortal, y es sometido a un sueño criogénico para sobrevivir. Cinco años después, despierta en un mundo transformado hasta quedar irreconocible: mientras dormía, el virus Male Killer (MK) se extendió por todo el planeta, mató a todos los demás hombres de la Tierra y dejó a la humanidad al borde de la extinción.
Reito no está solo. Es uno de los cinco únicos hombres que se salvaron porque estaban en criosueño, y los cinco son inmunes. Con el futuro de la especie ahora ligado a ellos, se espera que engendren a la siguiente generación y ayuden a repoblar el planeta, aunque cada uno afronta esa carga de forma distinta. Reito, sin embargo, no puede olvidar a Elisa Tachibana, su amiga de la infancia y único interés amoroso. Incluso después de enterarse de que desapareció tres años antes, se propone encontrarla, resistir la presión que lo rodea y descubrir la verdad detrás del virus. En un mundo donde la supervivencia, la tentación y la incertidumbre chocan constantemente, cada decisión tiene un precio.